ملاصدرا در موارد بسیار برای تفسیر آیات، از دیگر آیات استفاده کرده مثلاً در تفسیر سوره حمد که مجموعاً هفت آیه دارد، بیش از صد بار به آیات دیگر استناد کرده است.