امامزاده سیدجعفر محمد (ع) از مهم ترین زیارتگاه های مردم یزد
امامزاده سید جعفر محمد (ع) از جمله سادات شریف و جلیل القدری است که اواخر قرن چهارم در شهر یزد دیده به جهان گشوده است . نسب شریف این امامزاده به اتفاق نقل اغلب علمای انساب با شش واسطه به امام ششم می رسد.که از قرار زیر می باشد: ابوجعفر محمد بن ابوالحسن علی بن محمد ابوجعفربن علی علی ابوالحسن بن ابو محمد عبیدالله بن ابویحیی احمد الشعرانی بن ابوالحسن علی العریضی بن الامام جعفر صادق علیه السلام .
وی نوه امامزاده جعفر ( محمد ابو جعفر) متوفای ۴۲۴ هجری قمری یزد می باشد که وی نیز مردی محترم و سیدی جلیل و صاحب کرامات بوده است .
از کلام علمای انساب پیداست که امامزاده سید جعفر محمد نیز همچون اجدادش به زهد و تقوی متصف و از سادات حسینی مشهور عصر خود بوده است. پسر برادر او به گفته ی علمای انساب نقابت سادات یزد را به عهده داشته است.
ظاهرا تولد مامزاده سید جعفر محمد در اواخر قرن چهارم هجری و وفات ایشان نیز طبق بعضی از قراین در نیمه دوم قرن پنجم هجری می باشد و چون سیدی محترم و جلیل القدر بوده مردم شهر یزد به پاس یاد بود وی بر سر تربتش بقعه ایی بنا نهادند.
حرم و بارگاه با شکوه امامزاده سید جعفر محمد با امکانات مناسب مورد توجه و عنایت زائران و مسافران مشتاق است. دو شبستان قرینه شرقی و غربی مسجد که با گنبدی بسیار بزرگ و جدید الاحداث متصل به حرم مطهر گردیده و آن را به صورت نگینی در بر گرفته است.
به لحاظ تنوع رنگ کاشی ها و ویژگی های ممزوج بودن کاشی و آجر سفال در ساختمان آن که بر اساس طرح جامع و نظر دفتر فنی سازمان مرکزی اوقاف و اداره کل اوقاف و امور خیریه استان یزد و همکاری مداوم هیئت امنا امامزاده از محل کمک های مردمی و نذورات امامزاده به دست پر توان معماران اصیل یزدی به سبک سنتی بنا شده است،
این مکان مقدس دارای ضریح طلا و یک گنبد به قطر ۹ متر و ارتفاع ۲۵ متر است که نمای داخلی گنبد آینه کاری و نمای خارجی آن کاشی کاری است تزیینات داخلی آن بنا شامل: سر در، ایوان، کاشیکاری، مقرنس کاری و آینه کاری است.
کتیبه ایی با خط ثلث نیز در آن موجود است. تاریخ احداث بقعه سال ۵۷۵ هجری قمری و تاریخ بازسازی آن سال ۱۳۵۴ هجری شمسی و مساحت فعلی اعم از زمین و ساختمان جمعا ۵۸,۲۶۰ متر مربع می باشد.
امروزه این مکان زیارتگاه پاکدلان و عاشقان بسیاری است که از گوشه و کنار این مملکت به زیارت مرقد مطهرش می آیند. از نکات مهم امامزاده سید جعفر محمد (ع) این است که از قدیم الایام اکثریت مسافران در هنگام ورود و خروج از شهر و مخصوصاً مردم در روزهای تعطیل و ایام مذهبی جهت دعا و نیایش و گذران تعطیلات با عشقی عجیب به زیارتش مشرف شده قصد حاجت کرده و نذور خود را به آستان مقدسش تقدیم می کنند.